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          輕敲木頭--提取真菌DNA

          來(lái)源:深圳市安必勝科技有限公司 轉載請注明出處【字號:

          本周技術(shù)貼很有趣,正如我們所知道的,沒(méi)有兩份相同的環(huán)境樣品。被研究的微生物可能處于任何環(huán)境,其生存基質(zhì)就成了大麻煩。所以很難選到一種好的DNA提取方法。還好,在MOBIO我們見(jiàn)識過(guò)、聽(tīng)說(shuō)過(guò)幾乎所有類(lèi)型的環(huán)境樣品,而且知道如何處理。

          舉以下一個(gè)例子……

          你好MO BIO技術(shù)部,

          我正在考慮用你們的PowerSoil Kits做我的實(shí)驗。事實(shí)上我并不是要提取土壤DNA,而是提取外界環(huán)境中已經(jīng)有真菌繁殖的木頭和紙片的真菌DNA。

          聽(tīng)說(shuō)需要結合PowerLyzer研磨機使用PowerSoil Kit真菌細胞才能充分破壁,并完全去除木頭和紙片的腐植酸。

          不過(guò),我擔心的是可能在這類(lèi)樣品中含量很高的多糖多酚。"Inhibitor Removal Technology"能去除掉這些抑制因子嗎?是否能告訴我這款盒子足可以對付基質(zhì)富含多糖多酚的樣品?如果可以,操作步驟上需要做修改嗎?

          謝謝!

          使用小直徑研磨珠的PowerSoil和PowerLyzer Soil DNA Isolation Kits可裂解微生物和真菌細胞的同時(shí)最大程度減少植物細胞DNA污染,常用來(lái)做植物根部和根際微生物研究。真菌細胞需要更強力的裂解,我們建議使用采用0.1mm玻璃研磨珠,在強力珠磨研磨設備輔助下有更高裂解效率的PowerLyzer PowerSoil Kit。再上一篇博文有討論過(guò)具體細節。

          來(lái)信問(wèn)題里頭,樣品是一種富含多酚的木頭和主要成分為纖維素紙漿的紙。除了采樣時(shí)可能會(huì )混進(jìn)來(lái)的土壤和碎片,這類(lèi)基質(zhì)含有更多的抑制因子。PowerLyzer PowerSoil Kit非常值得一試。

          當然,也有另一種更加高效提取這類(lèi)樣品的試劑盒,PowerPlant Pro DNA Isolation Kit。新推出的PowerPlant Pro是PowerPlant Kit 的快速提取版。PowerPlant Pro也含有PowerPlant Kit一樣的IRT技術(shù),只是新增加了一個(gè)抑制因子去除試劑盒,叫多酚分離溶液(PSS)。使用發(fā)現,對富含多酚的植物樣品,DNA得率得到了極大的提高(相對于不使用),尤其是本例中富含木質(zhì)素的木頭和紙片。加入PSS溶液可使IRT步驟過(guò)程中,核酸與粘稠的多酚類(lèi)分離開(kāi),始終保持溶解狀態(tài)。多酚去除干凈了,留下DNA,純凈DNA的得率得到提高。

          對于木頭和紙片樣品,加入PSS溶液可使真菌DNA得率增加,所以建議嘗試PowerPlant Pro Kit。

          需要注意的是,PowerPlant Pro Kit為了提高對堅硬樣品如木頭之類(lèi)的研磨效果,使用了不同的研磨珠套管:2.38mm不銹鋼研磨珠。高效地破碎木頭釋放出潛藏的微生物同時(shí)也增加了植物DNA的抽提。若所需的微生物并不在木頭組織里頭,而是在外層或靠近外層,改用0.1mm或0.5mm玻璃研磨珠,可最大程度減少植物DNA的污染。是否要更換研磨珠套管視樣品而已,最好多嘗試幾種方案,找出最好的方法。

          記住,我們會(huì )試遍所有東西,包括研磨珠套管。所有非常鼓勵你也去嘗試各種方法,研究出自己的操作流程。

          你的樣品獨一無(wú)二,有時(shí)需要嘗試各種類(lèi)型研磨珠或試劑盒才能獲得最佳的結果。若需要幫助,請隨時(shí)聯(lián)系我們。

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