輕敲木頭--提取真菌DNA

本周技術貼很有趣，正如我們所知道的，沒有兩份相同的環境樣品。被研究的微生物可能處于任何環境，其生存基質就成了大麻煩。所以很難選到一種好的DNA提取方法。還好，在MOBIO我們見識過、聽說過幾乎所有類型的環境樣品，而且知道如何處理。

舉以下一個例子……

你好MO BIO技術部，

我正在考慮用你們的PowerSoil Kits做我的實驗。事實上我并不是要提取土壤DNA，而是提取外界環境中已經有真菌繁殖的木頭和紙片的真菌DNA。

聽說需要結合PowerLyzer研磨機使用PowerSoil Kit真菌細胞才能充分破壁，并完全去除木頭和紙片的腐植酸。

不過，我擔心的是可能在這類樣品中含量很高的多糖多酚。"Inhibitor Removal Technology"能去除掉這些抑制因子嗎？是否能告訴我這款盒子足可以對付基質富含多糖多酚的樣品？如果可以，操作步驟上需要做修改嗎？

謝謝！

使用小直徑研磨珠的PowerSoil和PowerLyzer Soil DNA Isolation Kits可裂解微生物和真菌細胞的同時最大程度減少植物細胞DNA污染，常用來做植物根部和根際微生物研究。真菌細胞需要更強力的裂解，我們建議使用采用0.1mm玻璃研磨珠，在強力珠磨研磨設備輔助下有更高裂解效率的PowerLyzer PowerSoil Kit。再上一篇博文有討論過具體細節。

來信問題里頭，樣品是一種富含多酚的木頭和主要成分為纖維素紙漿的紙。除了采樣時可能會混進來的土壤和碎片，這類基質含有更多的抑制因子。PowerLyzer PowerSoil Kit非常值得一試。

當然，也有另一種更加高效提取這類樣品的試劑盒，PowerPlant Pro DNA Isolation Kit。新推出的PowerPlant Pro是PowerPlant Kit 的快速提取版。PowerPlant Pro也含有PowerPlant Kit一樣的IRT技術，只是新增加了一個抑制因子去除試劑盒，叫多酚分離溶液（PSS）。使用發現，對富含多酚的植物樣品，DNA得率得到了極大的提高（相對于不使用），尤其是本例中富含木質素的木頭和紙片。加入PSS溶液可使IRT步驟過程中，核酸與粘稠的多酚類分離開，始終保持溶解狀態。多酚去除干凈了，留下DNA，純凈DNA的得率得到提高。

對于木頭和紙片樣品，加入PSS溶液可使真菌DNA得率增加，所以建議嘗試PowerPlant Pro Kit。

需要注意的是，PowerPlant Pro Kit為了提高對堅硬樣品如木頭之類的研磨效果，使用了不同的研磨珠套管：2.38mm不銹鋼研磨珠。高效地破碎木頭釋放出潛藏的微生物同時也增加了植物DNA的抽提。若所需的微生物并不在木頭組織里頭，而是在外層或靠近外層，改用0.1mm或0.5mm玻璃研磨珠，可最大程度減少植物DNA的污染。是否要更換研磨珠套管視樣品而已，最好多嘗試幾種方案，找出最好的方法。

記住，我們會試遍所有東西，包括研磨珠套管。所有非常鼓勵你也去嘗試各種方法，研究出自己的操作流程。

你的樣品獨一無二，有時需要嘗試各種類型研磨珠或試劑盒才能獲得最佳的結果。若需要幫助，請隨時聯系我們。